El Sistema de Gestión Ambiental de Alestis incluye, dentro del proceso de análisis de contexto, todo lo relativo a la protección de la biodiversidad.
Así, de todas las instalaciones ubicadas en España, esta cuestión resulta relevante en el caso de Puerto Real, dado que la planta se sitúa cerca del Paraje Natural Isla de Trocadero, espacio de marismas incluido en el Parque Natural Bahía de Cádiz, con alto valor ecológico y naturalista, con comunidades de crustáceos, moluscos, peces y aves.
